Statistiquement, Laurent Blanc est l’entraineur qui obtient les meilleurs résultats dans l’histoire du club avec un pourcentage de victoires de soixante-treize pour cent et un ratio de défaites de neuf pour cent en ayant dirigé plus de cent quarante-deux matchs, soit le quatrième entraîneur avec la plus grande longévité. Surmontant ces deux premières déconvenues, le FC Nantes enchaîne une série de 8 matchs sans défaite en Ligue 1. Au terme de la 10e journée, le FC Nantes pointe à une surprenante 3e place au classement, avec 6 victoires pour 2 défaites et 2 nuls. Sous les ordres de ce dernier, Nantes et son équipe de jeunes joueurs en grande partie formés au club remporte successivement deux coupes de France (en 1999 et 2000) et le championnat de France 2001, son huitième et dernier titre à ce jour. Sous l’impulsion de Samuel Fenillat, un nouveau staff se met en place depuis le début de saison 2010 – 2011 avec Loïc Amisse et Stéphane Ziani.
Le FCN alterne victoires et défaites lors du début de saison avant d’entamer en novembre une série de 14 matchs sans défaite. Il est remplacé par Christian Gourcuff, qui réussit un bon début de saison, puisque le 25 septembre, Nantes remporte enfin un derby à la Beaujoire face à Rennes, et se retrouve sur le podium. René Girard est choisi pour entraîner l’équipe professionnelle du FC Nantes à partir de la saison 2016/2017. Une décision qui engendre une vague de protestations sur les réseaux sociaux à cause de son image d’entraîneur défensif et, dans une moindre mesure, de son passé bordelais (rival historique du FC Nantes). Le 15 janvier 2022, il est suspendu quatre mois de toutes les compétitions FIFA à la suite de son conflit avec Watford. Après le départ de Mapou Yanga-Mbiwa en janvier 2013, il devient le capitaine de La Paillade durant 8 saisons et demi. Guillaume Gillet en provenance d’Anderlecht viendra renforcer l’effectif en janvier. La saison suivante, Alain Roche, Vincent Guérin, Bernard Lama et George Weah renforcent davantage l’effectif. La saison 2015/2016 est marquée par le départ de la majorité des cadres qui avaient permis la remontée du club en Ligue 1. Papy Djilobodji, Issa Cissokho, Olivier Veigneau, Vincent Bessat, Serge Gakpé, et Jordan Veretout quittent le club.
Il est remplacé par Raymond Domenech, qui redevient entraineur, 27 ans après sa dernière expérience à Lyon, et 10 ans après son départ de l’Equipe de France. Les supporters désabusés réclament le départ du président Kita, dont la gestion du club est fortement remise en cause. À la fin de la première partie de la saison, le club est 5e au classement, et les supporters se prennent à rêver d’Europe. L’entraîneur italien ne sera resté qu’un an à Nantes, et n’aura pas réussi à faire renouer le club avec l’Europe. Mais comme souvent avec le FC Nantes, la suite de la saison est moins bonne et le club tombe petit à petit dans le ventre mou du classement après avoir perdu tous les derbys face à ses voisins. Raynald Denoueix, directeur du centre de formation depuis 1982. Marcel Desailly quitte le FC Nantes, mais l’équipe connaît pour le reste une certaine stabilité qui lui permet de développer de nouveau un jeu séduisant reposant sur les automatismes et l’entraînement collectif. L’équipe ne parvient pas à maintenir la qualité de jeu de la première partie, l’assise défensive étant moins solide. Entraînée par Loïc Amisse, l’équipe atteint la 6e place de L1 et réalise un bon parcours dans les coupes : le FCN atteint les demi-finales de la Coupe de France et dispute la finale de la Coupe de la Ligue face au FC Sochaux, perdue de justesse lors de la séance des tirs au but après une panenka manquée de Mickaël Landreau.
Nantes atteint les demi-finales de la Coupe de la Ligue et termine 13e en fin de saison (le club aurait été 8e sans l’« affaire Touré »). Le 8 décembre 2016, le Portugais Sergio Conceição est nommé nouvel entraîneur du FC Nantes. Son premier match contre Montpellier, le 13 décembre 2016, concernant les huitièmes de finale de la Coupe de la Ligue, s’achève avec une victoire 3-1, près de 10 mois après les derniers trois buts du FC Nantes à la Beaujoire (contre le Gazéléc Ajaccio). Nantes termine également vingtième attaque de L1 avec seulement 29 buts inscrits en 38 journées. Payet reste un des cadres de l’effectif, inscrivant notamment 4 buts en 5 matchs amicaux. Nantes réalise pourtant une première partie de championnat aboutie d’un point de vue comptable (7e avec 30 points à l’issue des matchs aller), mais s’effondre au cours d’une seconde partie très faible, que ce soit en termes de contenus ou de résultats (18e avec 18 points récoltés). À une semaine de la reprise de la Ligue 1, Vahid annonce qu’il quitte le FC Nantes. Malgré des résultats loin des attentes de tous, le FC Nantes continue l’aventure pour 2011-2012 en Ligue 2, mais cette saison se révèle aussi mitigée.
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